新生儿的胃肠道是无菌的，出生后与外界环境接触后便逐渐开始有菌定值。新生儿胃肠道内最初的细菌来自母亲的产道、环境，以及母乳。婴幼儿的胃肠道微生态建立越早，越能保护婴儿免受感染性疾病、过敏和各种消化道问题的侵扰。自然分娩比刨腹产的婴儿胃肠道微生态建立得更早，母乳喂养儿与人工喂养儿最初的胃肠道微生态也不同。2岁之后婴儿胃肠道微生态才开始逐步完善，并逐渐增加微生态的多样性。
2岁之后，婴幼儿胃肠道微生态虽然逐步完善，但仍易受外界因素影响，如婴儿在断奶和添加辅食期间，容易因食物的变化导致肠道菌群失衡。另外，婴幼儿免疫系统发育尚不完善，易出现感染和过敏等免疫力低下的问题。
及早给婴幼儿补充益生菌，有助于儿童免疫力发育，增进食欲，促进儿童对营养物质的吸收，改善儿童消化功能，减少或减轻便秘、腹泻，缓解乳糖不耐受症，所以，儿童应该坚持服用益生菌。
