南京试管婴儿医院排名比较好的医院有很多，具体大致如下：
1、江苏省人民医院
2、南京鼓楼医院
3、南医大二附院
4、南京妇幼保健院
5、江苏省中医院
6、南京中大医院
7、东部战区总医院
南京能做第三代试管婴儿的医院有4家，这4家医院分别是：
江苏省人民医院：江苏省人民医院生殖中心由几个专业机构所组成，包括不孕不育门诊、试管婴儿和辅助生殖技术中心、不孕不育腔镜诊疗中心、生殖中心病房等。现在中心可以开展一代、第二代、第三代试管婴儿技术，为广大的不孕不育夫妇提供优质和便捷的服务。
南京鼓楼医院：南京鼓楼医院生殖医学中心是江苏省妇幼保健重点专科，是卫生部首批批准开展人类辅助生殖技术5家单位之一。南京鼓楼医院的生殖医学中心位于中山北路，医疗用房面积6000m2，按卫生部要求设置辅助生殖技术手术室、净化培养室、胚胎冷冻室等20多个功能室。
南京市妇幼保健院：南京市妇幼保健院生殖医学中心成立于2000年，现拥有临床及实验室工作人员12名，采用超前的检测手段开展常规体外受精—胚胎移植(IVF-ET)、单精子卵胞浆内注射(ICSI)、胚胎冷冻、精子冷冻等项目。开展试管婴儿的临床工作以来，目前试管婴儿成功率达50左右%，人工授精的成功率达15~20%。并于2006年12月正式通过了卫计委的验收。
东部战区总医院：南京军区南京总医院的生殖医学中心是一个集临床和科研为一体的新兴科室，包括妇科、男科、男科实验室和胚胎实验室4个单元。该科室主要开展体外受精-胚胎移植及其衍生技术、卵母细胞浆内单精子注射ICSI、宫腔内人工授精等辅助生殖技术以及妇科和男科不育不孕症的临床诊疗工作
